圣保羅教堂位于馬六甲河口的升旗山，由葡萄牙人建造于1521年。教堂前有圣方濟各的雕像，他是一位著名的傳教士。荷蘭人在1670年占領后將教堂改成了城堡，至今仍可見到子彈孔。1753年，荷蘭人另建了一座教堂，而圣保羅教堂則成為荷蘭貴族的墓地，保留了一些墓碑。教堂內有圣方濟各的臨時墓地，站在教堂上可以俯瞰整座城市并欣賞到荷蘭墓碑。